W codziennej pracy z dokumentami duże znaczenie ma nie tylko sposób ich tworzenia, ale także późniejsze przechowywanie, szukanie i udostępnianie. Wraz ze wzrostem liczby spraw rośnie ryzyko, że niezbędny plik zostanie zapisany w niewłaściwym miejscu, otrzyma niejednoznaczną nazwę lub trafi do kilku folderów jednocześnie. Takie sytuacje utrudniają kontrolę nad dokumentacją i wydłużają wykonywanie łatwych obowiązków.
Program do zarządzania dokumentami pozwala uporządkować te procesy poprzez gromadzenie plików w jednym środowisku, przypisywanie im odpowiednich kategorii oraz stosowanie ustalonych zasad nazewnictwa. Istotne jest prócz tego dostosowanie struktury do rzeczywistego sposobu pracy. Przeciwnie organizuje się dokumenty powiązane z obsługą klientów, a całkiem inaczej umowy, faktury, dokumentację kadrową czy materiały techniczne. Zbyt złożony podział może utrudniać odnalezienie informacji, jednak zbyt ogólny sprawia, że użytkownik musi przeglądać sporo niepowiązanych plików.
W praktyce administrowanie dokumentami i archiwizacja obejmują kilka etapów, które powinny tworzyć spójny proces. Dokument jest najpierw odbierany lub tworzony, następnie rejestrowany, opisywany i kierowany do właściwego miejsca. Kolejne działania mogą dotyczyć weryfikacji treści, akceptacji, przekazania do innego działu albo przechowywania przez dany czas. Ważne jest postanowienie, kto odpowiada za poszczególne czynności i które osoby mogą wprowadzać zmiany. Bez takich zasad nawet bardzo dobrze uporządkowane repozytorium z w pewnych sytuacjach staje się skomplikowane w obsłudze. Problemem bywają też różnorakie wersje tego samego dokumentu. O ile kilka osób pracuje na osobnych kopiach, może dojść do użycia nieaktualnych danych albo pominięcia wprowadzonych poprawek. Dlatego warto określić sposób oznaczania wersji, rejestrowania przekształceń a także zatwierdzania dokumentów. Takie reguły mają znaczenie szczególnie tam, gdzie treść plików wpływa na rozliczenia, decyzje organizacyjne lub realizację zobowiązań.
Przenoszenie dokumentacji do postaci elektronicznej wymaga uwzględnienia nie tylko i wyłącznie samego skanowania, lecz także jakości plików i sposobności ich późniejszego odczytu. Skan może być nieczytelny, zawierać niepełne strony lub nie zachowywać właściwej kolejności załączników. Z tego powodu potrzebna jest kontrola materiałów po digitalizacji, zwłaszcza w przypadku dokumentów o znaczeniu formalnym. Pomocne bywa rozpoznawanie tekstu na obrazach, ponieważ daje możliwość szukanie konkretnych słów bez ręcznego otwierania każdego pliku. Program do zarządzania dokumentami i cyfrowej archiwizacji może także wykorzystywać metadane, tj. data wykonania, rodzaj dokumentu, numer sprawy czy termin przechowywania. Ich prawidłowość ma bezpośredni wpływ na wyniki wyszukiwania. O ile opisy są niepełne lub niespójne, część dokumentacji może pozostać niewidoczna w trakcie filtrowania. Należy także pamiętać, że cyfrowe archiwum nie eliminuje konieczności wykonywania kopii zapasowych, sprawdzania sposobów odtworzenia danych i kontrolowania dostępu do plików.
Przy organizowaniu elektronicznego obiegu dokumentów należy uwzględnić wymagania prawne, rodzaj przetwarzanych informacji a także okresy przechowywania poszczególnych materiałów. Nie każdy dokument można wyeliminować po zakończeniu aktualnej sprawy, a samo przeniesienie pliku do archiwum nie oznacza w sposób automatyczny, że spełniono wszystkie obowiązki związane z jego ochroną. Osobnego ustalenia wymagają uprawnienia użytkowników, zasady udostępniania danych a także sposób postępowania po upływie okresu przechowywania. W przypadku dokumentacji zawierającej dane osobowe istotne jest ograniczenie dostępu do ludzi, którzy potrzebują tych informacji do wykonywania swoich obowiązków. Znaczenie ma również przygotowanie procedury na wypadek awarii, przypadkowego usunięcia plików lub odejścia pracownika odpowiedzialnego za określony obszar. Wdrożenie nowych rozwiązań powinno uwzględniać istniejące zasoby, ponieważ przeniesienie wieloletniej dokumentacji może ujawnić duplikaty, braki w opisach i niezgodności między wersją papierową a elektroniczną. Uporządkowanie tych kwestii wymaga określenia zasad postępowania z dokumentami, które będą stosowane również po zakończeniu początkowego etapu wdrożenia.
Zobacz również: rejestracja czasu pracy pracownika.